Sa superficie avoisine les 8400 km², il couvre ainsi environ 8% de la surface du pays. L'épaisseur de la calotte glaciaire peut atteindre jusqu'à 1000 mètres. Situé au sud-est de l'île, il s'est formé il y a 2500 ans. Évidemment, le glacier a évolué depuis sa naissance. On sait qu'au moment de la colonisation, au IXème siècle, il était beaucoup plus petit qu'aujourd'hui. À cette époque, la montagne Esjufjöll était hors du glacier.
Aujourd'hui, elle y est en plein milieu. Le glacier, depuis sa formation, n'a cessé de grossir. Mais ces derniers temps, la tendance s'inverse. L'activité volcanique et le réchauffement climatique rogne sa superficie. Les scientifiques estiment une disparition totale du Vatnajökull dans les cent ans.